v rámci Společnosti fungují Odborné skupiny, sdružující členy Společnosti podle zaměření a zájmu. V současnosti jsou ustaveny tyto Odborné skupiny:
Výbor Společnosti svým rozhodnutím ze dne 9.2.2007 zrušil všechny Odborné skupiny, které dlouhodobě nevyvíjely žádnou činnost. Ke dni 1.4.2007 tak byla formálně ukončena činnost skupin:
Výbor Společnosti zároveň vyzval všechny členy k diskusi o činnosti v jednotlivých specializacích, a případné zájemce k založení nových Odborných skupin.
(opraveno 13/7/2007)
Slovenská geologická spoločnosť
Slovenská mineralogická spol.
Unie geologických asociací